Le contrôle fiscal des entreprises et des contribuables astreints à la tenue d’une comptabilité peut être effectué selon deux modalités :
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le contrôle sur pièces (contrôle fiscal interne) , c’est-à-dire depuis le bureau du vérificateur, à partir des seules informations dont les agents de l’administration fiscale disposent déjà, c’est-à-dire essentiellement les déclarations fiscales du contribuable (impôt sur les sociétés, TVA, etc.), les renseignements fournis par le contribuables en réponse à une demande de l’administration, et les informations communiquées par des tiers dans le cadre du droit de communication.
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le contrôle sur place (contrôle fiscal externe) , principalement sous la forme d’une « vérification de comptabilité » , qui s’exerce dans les locaux du contribuable, prévue par l’article L. 13 du LPF. Entre le contrôle sur pièces et le contrôle sur place, il n’existait pas de procédure « intermédiaire » permettant d’effectuer un examen critique de la comptabilité de l’entreprise sans se déplacer dans les locaux de celle-ci, y compris lorsque cette comptabilité est dématérialisée.
La loi de finances rectificative pour 2016 (Art.14) a remédié à cette situation en créant un nouveau type de contrôle fiscal, intitulé l’examen de comptabilité à partir des comptabilités informatisées des entreprises.
Cette nouvelle procédure de contrôle fiscal des entreprises, « l’examen de comptabilité » est définie par l’article L. 13 G du LPF : « dans les conditions prévues par le présent livre, les agents de l’administration peuvent, lorsque les contribuables astreints à tenir et à présenter des documents comptables tiennent leur comptabilité au moyen de systèmes informatisés, examiner cette comptabilité sans se rendre sur place ».
Les modalités de l’examen de comptabilité sont prévues par l’article L. 47 AA du LPF , inséré à la suite de l’article L. 47 A relatif au contrôle des comptabilités informatisées et aux traitements y afférents.
Ces modalités sont les suivantes :
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dans les dix jours suivant la réception de l’avis d’examen de comptabilité , qui précise la période faisant l’objet du contrôle et la possibilité pour le contribuable de se faire assister par un conseil de son choix, le contribuable adresse à l’administration, sous forme dématérialisée, une copie des fichiers des écritures comptables. Ces fichiers informatiques sont conformes aux normes prévues par l’article L. 47 A du LPF ;
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si le contribuable n’adresse pas les fichiers ou que ceux-ci ne sont pas conformes, l’administration peut informer le contribuable que l’examen de comptabilité est annulé, ce qui revient à permettre la mise en oeuvre d’un contrôle sur place de droit commun ;
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l’administration peut effectuer des tris, classements ainsi que tous calculs aux fins de s’assurer de la concordance entre les écritures comptables et les déclarations fiscales du contribuable. Elle peut en outre effectuer des traitements informatiques sur les fichiers autres que les fichiers des écritures comptables transmis par le contribuable, par exemple des listes de factures ou de marchés transmis par celui-ci ;
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au plus tard six mois après la réception de la copie des fichiers, l’administration envoie au contribuable une proposition de rectification ou l’informe de l’absence de rectification ;
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au plus tard lors de l’envoi de la proposition de rectification , l’administration informe le contribuable de la nature et du résultat des traitements informatiques qui donnent lieu à des rehaussements ;
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avant la mise en recouvrement ou avant d’informer le contribuable de l’absence de rectification, l’administration détruit la copie des fichiers informatiques transmis.