Pour mémoire, le dispositif « jeune entreprise innovante » (JEI) a été créé par les articles 13 et 131 de la loi de finances pour 2004 (Commenté au BOI 4 A-9-04 puis repris au BOFIP-Impôts).
Il consiste en des exonérations d’impôt sur les bénéfices, de cotisation foncière des entreprises (et par conséquent de cotisation sur la valeur ajoutée des entreprises) et de taxe foncière sur les propriétés bâties, ainsi qu’en des exonérations de cotisations sociales patronales. Codifié à l’article 44 sexies-0 A du CGI, ce soutien fiscal et social est subordonné au respect du règlement européen relatif aux aides de minimis. L’article 11 de la LF pour 2022 a prorogé de trois ans la durée du statut de « Jeune entreprise innovante », qui est passé dès lors de sept ans à dix ans. Le prolongement de 3 ans ne s’appliquait toutefois qu’au volet fiscal du statut JEI et non à son volet social
L'article 33 de la LF pour 2023 a prorogé jusqu’au 31 décembre 2025 le régime d’exonération d’impôt sur les bénéfices, de taxe foncière et de CET bénéficiant aux JEI, dont l’échéance était fixée au 31 décembre 2022. Mais surtout l'article 33 est revenu à une durée de huit ans pour le volet fiscal afin de l'aligner sur le volet social.
Cette exonération d'impôt sur les bénéfices devait s’appliquer aux JEI créées jusqu’au 31 décembre 2025, mais l’article 69 de la LF pour 2024 a restreint le champ d'application de cette exonération aux seules entreprises créées jusqu’au 31 décembre 2023.
Ainsi, les entreprises créées depuis le 1er janvier 2024 ne bénéficient plus de cette exonération.
En application de l'article 231-1 du CGI, la taxe sur les salaires est due à raison des rémunérations versées par des personnes physiques ou morales qui ne sont pas assujetties à la TVA ou ne l'ont pas été sur 90 % au moins de leur chiffre d'affaires au titre de l'année précédant celle du paiement desdites rémunérations. L'assiette de la TS est constituée par une partie des rémunérations versées, déterminées en appliquant à l'ensemble de ces rémunérations le rapport existant, au titre de cette même année, entre le chiffre d'affaires qui n'a pas été passible de la TVA et le chiffre d'affaires total, cette fraction étant communément dénommée « rapport d'assujettissement ».
Le rapport d'assujettissement à la TS doit être déterminé en inscrivant à son numérateur, le total des recettes et autres produits qui n'ont pas ouvert droit à déduction de la TVA et à son dénominateur, le total des recettes et autres produits, y compris ceux correspondant à des opérations qui n'entrent pas dans le champ d'application de la TVA.
En effet, le Gouvernement a déjà eu l'occasion de préciser en 219 : "dès lors, les aides non répétitives perçues pour le développement de la recherche ou de l'innovation d'une opération déterminée par des entreprises durant une phase de recherche au cours de laquelle elles ne perçoivent aucun chiffre d'affaires n'ont pas à être prises en compte pour le calcul du rapport d'assujettissement à la TS" (RM Motin, JOAN du 9 juillet 2019, question n°18639)
Le député Paul Midy a indiqué que l'administration fiscale incluait de manière variable les subventions qualifiées d'exceptionnelles dans le rapport d'assujettissement à la taxe sur les salaires. :
Ces subventions exceptionnelles comprennent notamment les financements octroyés par des dispositifs européens (ex : Horizon Europe) ou nationaux (ex : Programme d'investissements d'avenir, France 2030). L'administration fiscale pose comme principe dans une instruction du 30 mars 2022 que les subventions non imposables à la TVA doivent être prises en compte pour le calcul du rapport d'assujettissement à la taxe sur les salaires. Cependant, ce principe exclut les subventions à caractère exceptionnel. L'administration fiscale ajoute que leur montant « doit être accessoire au regard des recettes normales de l'entreprise ». Toutefois, l'appréciation du caractère accessoire du montant d'une subvention est aujourd'hui évolutive. En effet, l'administration fiscale a produit une liste non exhaustive de subventions qui pourraient être qualifiées d'exceptionnelles. Or cette appréciation évolutive est génératrice d'une insécurité juridique pour les jeunes entreprises innovantes. Plusieurs questions écrites parlementaires ont déjà été déposées à ce sujet. La réponse ministérielle la plus récente a partiellement éclairci cette situation, en excluant du rapport d'assujettissement les subventions perçues par les sociétés ne réalisant aucun chiffre d'affaires et en phase de recherche. Toutefois, il n'est pas garanti que lorsque la subvention accordée présente un caractère manifestement exceptionnel au regard du processus de sélection retenu pour son attribution, celle-ci n'a pas à être prise en compte pour l'assujettissement à la taxe sur les salaires de l'entreprise et ce, quel que soit le niveau comparatif de chiffre d'affaires soumis à TVA par rapport au niveau de cette subvention.
Face à cette situation plaçant en insécurité certaines JEI, le député a demandé au Gouvernement de bien vouloir préciser la doctrine de l'administration fiscale en la matière.
Le Gouvernement vient de répondre :
Une subvention est considérée comme exceptionnelle lorsqu'il s'agit d'une aide non répétitive, destinée à financer une dépense précise et lorsque son montant est accessoire au regard des recettes normales de l'entreprise.
À cet égard, sont réputées comme telles les aides à caractère forfaitaire reçues à titre exceptionnel par les entreprises pour le développement de la recherche ou de l'innovation, y compris les abandons d'avances qui, lors de leur octroi, sont remboursables en cas de succès.
Dès lors, il est confirmé que quel que soit leur montant, les aides non répétitives perçues pour le développement de la recherche ou de l'innovation d'une opération déterminée par des JEI durant une phase de recherche, n'ont pas à être prises en compte pour le calcul du rapport d'assujettissement à la TS, sans qu'il soit besoin de s'interroger sur le caractère accessoire de ces sommes au regard des autres recettes de l'entreprise, i.e., indépendamment du chiffre d'affaires que ces JEI pourraient déjà réaliser dans leur phase de développement.