L’article L. 45 B du LPF permet aux agents du ministère chargé de la recherche de vérifier la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR prévu à l’article 244 quater B du CGI , sans préjudice des pouvoirs de contrôle de l’administration des impôts qui demeure seule compétente pour procéder à des rectifications.
L’article R. 45 B-1 du LPF prévoit les modalités d’exercice du contrôle de la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR.
Le gouvernement vient, par décret, de modifier l’article R. 45 B-1 du LPF afin de préciser les modalités d’intervention des agents du ministère chargé de la recherche dans ce contrôle, au regard notamment de la conduite du débat contradictoire avec l’entreprise.
« Art. R. 45 B-1.-I. ― La réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt mentionné à l’article 244 quater B du code général des impôts est vérifiée soit par un agent dûment mandaté par le directeur général pour la recherche et l’innovation, soit par un délégué régional à la recherche et à la technologie ou un agent dûment mandaté par ce dernier.
L’intervention des agents du ministère chargé de la recherche peut résulter soit d’une initiative de ce ministère, soit d’une demande de l’administration des impôts dans le cadre d’un contrôle ou d’un contentieux fiscal.
II. ― Dans le cadre de cette procédure, l’agent chargé du contrôle de la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses déclarées envoie à l’entreprise contrôlée une demande d’éléments justificatifs. L’entreprise répond dans un délai de trente jours, éventuellement prorogé de la même durée à sa demande. L’entreprise joint à sa réponse les documents nécessaires à l’expertise de l’éligibilité des dépenses dont la liste est précisée dans la demande d’éléments justificatifs, notamment :
a) La déclaration spéciale, si elle n’avait pas été précédemment adressée au ministère chargé de la recherche pour chacune des années faisant l’objet du contrôle ;
b) Les documents scientifiques et techniques nécessaires à l’appréciation de l’éligibilité des opérations de recherche réalisées en interne ou confiées à un prestataire ;
c) Les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche déclarés (qualification, temps passé) ;
d) Les documents fiscaux et comptables relatifs aux dépenses déclarées. L’agent chargé du contrôle peut envoyer à l’entreprise contrôlée une demande d’informations complémentaires à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours.
Si les éléments fournis par l’entreprise en réponse à cette demande ne permettent pas de mener l’expertise à bien, l’agent chargé du contrôle peut envoyer à l’entreprise contrôlée une seconde demande d’informations à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours. Dans ce délai, l’entreprise a la faculté de demander un entretien afin de clarifier les conditions d’éligibilité des dépenses.
L’agent chargé du contrôle peut se rendre sur place après l’envoi d’un avis de visite pour, notamment :
a) Consulter les documents comptables prévus par les articles L. 123-12 à L. 123-28 du code du commerce ainsi que tous les documents annexes ou justificatifs, en vue de s’assurer de la réalité des dépenses affectées à la recherche ;
b) Effectuer toutes constatations matérielles, procéder à des vérifications techniques, en vue de s’assurer de la réalité de l’activité de recherche à laquelle les dépenses ont été affectées.
III. ― L’avis sur la réalité de l’affectation des dépenses à la recherche est émis par les agents chargés du contrôle au vu de la réponse de l’entreprise à la demande d’éléments justificatifs qui lui a été adressée, des documents mentionnés au II, et, le cas échéant, des réponses aux demandes d’informations complémentaires et des éléments recueillis à l’occasion des échanges avec l’entreprise lors de l’entretien dans les locaux de l’administration ou de la visite sur place.
Lorsque l’entreprise n’a pas répondu aux demandes d’informations qui lui ont été adressées, lorsqu’elle a refusé de communiquer les pièces justificatives demandées ou lorsqu’elle n’a pas produit ces éléments en cas de visite sur place, les agents chargés du contrôle constatent que l’affectation des dépenses à la recherche n’est pas justifiée.
L’avis est notifié à l’entreprise et communiqué à la direction générale des finances publiques. Il est motivé lorsque la réalité de l’affectation à la recherche de dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt est contestée. »