Le dispositif « jeunes docteurs » du crédit d'impôt recherche (CIR) réformé en 2025, suppose l'existence d'un véritable contrat de travail, ce qui implique un lien de subordination entre le chercheur et l'entreprise. Cette condition, rarement problématique pour un salarié classique, prend une tout autre dimension lorsque le docteur en cause est aussi le fondateur, le président et l'actionnaire majoritaire de la société.
Le crédit d'impôt recherche, prévu à l'article 244 quater B du CGI, permet aux entreprises de déduire de leur impôt un pourcentage des dépenses de recherche qu'elles exposent au cours de l'année. Parmi les dépenses éligibles, le b) du II de cet article vise les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de recherche.
Le dispositif « jeunes docteurs » constitue un mécanisme incitatif renforcé : lorsque ces dépenses de personnel se rapportent à des personnes titulaires d'un doctorat au sens de l'article L. 612-7 du code de l'éducation, elles sont prises en compte pour le double de leur montant pendant les vingt-quatre premiers mois suivant leur premier recrutement.
Ce doublement est toutefois subordonné à deux conditions cumulatives : d'une part, le contrat de travail de la personne concernée doit être à durée indéterminée ; d'autre part, l'effectif du personnel de recherche salarié de l'entreprise ne doit pas être inférieur à celui de l'année précédente. L'exigence d'un CDI traduit la volonté du législateur d'encourager le recrutement pérenne de docteurs par les entreprises, et non la simple mobilisation ponctuelle de compétences scientifiques.
Rappelons que l'article 55 de la LF pour 2025 a supprimé le doublement d'assiette pour les jeunes docteurs (suppression de la seconde phrase du b).
Rappel des faits :
La SAS E, spécialisée dans les services d'analyse et de contrôle en matière de qualité de l'eau, a été constituée le 19 avril 2019. Dès sa création, M. A, titulaire d'un doctorat, a été désigné comme président de la société. Il en était également l'actionnaire majoritaire. Parallèlement à ses fonctions de mandataire social, M. A exerçait des activités de recherche et développement au sein de l'entreprise, ce qui a conduit cette dernière à le déclarer comme « directeur de la recherche et développement ».
Le CDI de directeur de recherche n'a été formalisé par écrit que le 10 septembre 2022, soit plus de deux ans après l'exercice en litige (2020). Ce contrat a été conclu entre M. A en sa qualité de président de la société et lui-même en sa qualité de directeur de recherche. La société soutient néanmoins l'existence d'un contrat de travail « verbal » à durée indéterminée dès l'année 2020.
La SAS E a souscrit en mai 2021 une déclaration de CIR d'un montant de 126 525 € au titre de l'année 2020. L'administration n'a admis qu'un montant de 30 758 €, refusant notamment le doublement « jeunes docteurs » et limitant à 53 000 € (montant d'une prime spécifique) les dépenses de personnel de recherche de M. A éligibles au CIR.
Par jugement du 4 juillet 2023, le TA de Versailles a partiellement fait droit à la demande de la société en lui accordant le doublement « jeunes docteurs » sur la base de la prime de 53 000 €, mais a rejeté sa demande tendant à porter l'assiette de rémunération éligible à 112 528 € (totalité des salaires 2020 de M. A...).
Le ministre a fait appel pour obtenir l'annulation du doublement, tandis que la SELARL MJC2A, liquidateur judiciaire de la SAS E (entre-temps placée en liquidation judiciaire), a formé un appel incident pour élargir l'assiette des dépenses éligibles à 91,99 % de la rémunération totale de M. A soit 75 863 €.
- Le ministre soutient que M. A, en l'absence de CDI formalisé et de tout lien de subordination avec la société dont il était le président et l'actionnaire majoritaire, ne pouvait avoir la qualité de salarié au sens de l'article 244 quater B-II-b du CGI. Il fait également valoir que seule la prime de 53 000 €, augmentée des cotisations sociales, avait effectivement rémunéré les travaux de recherche de M. A au titre de 2020, conformément aux termes du PV d'AGE du 21 janvier 2021.
- Le liquidateur de la SAS E conteste ces deux points. Concernant le doublement, il se prévaut de l'existence d'un contrat verbal à durée indéterminée et de la doctrine BOFIP (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20). Concernant l'assiette, il produit un tableau de temps passé selon lequel M. A a consacré 1 655 heures sur 1 799 heures travaillées à des activités de recherche en 2020, soit 91,99 % de son temps, justifiant selon lui une prise en compte correspondante de sa rémunération totale.
La Cour vient de censurer la position des juges du fond qui ont accordé le doublement des « dépenses de jeunes docteurs »
La Cour administrative d'appel rappelle que la qualification de contrat de travail suppose un lien de subordination effectif. En relevant que le chercheur concerné était...
- président,
- actionnaire majoritaire,
- signataire de son propre contrat de travail pour le compte de la société,
- et que le comité scientifique n'avait aucun pouvoir de sanction à son encontre,
... le juge a écarté toute possibilité de subordination juridique.
Partant, la Cour a annulé le bénéfice du doublement jeune docteur.
Le dirigeant-actionnaire majoritaire ne peut être « jeune docteur »
- le dispositif de doublement des dépenses de personnel « jeunes docteurs » exige un CDI, lequel suppose un lien de subordination. Le président et actionnaire majoritaire d'une SAS qui s'auto-recrute comme directeur de recherche ne peut satisfaire cette condition, quand bien même il exercerait effectivement des activités de recherche. L'absence de pouvoir de sanction d'un comité scientifique ne suffit pas à caractériser la subordination.