L'examen en séance publique du PLF 2026 s'est poursuivi aujourd'hui avec l'adoption d'une série d'amendements qui redessinent plusieurs dispositifs fiscaux. Les débats, qui se sont tenus aujourd'hui à l'Assemblée nationale, ont été marqués par une volonté de cibler les soutiens à l'innovation et aussi de répondre aux enjeux de transmission du secteur agricole. Au cœur des mesures adoptées figurent des ajustements significatifs du Crédit d'Impôt Recherche (CIR), avec notamment la réintroduction et la revalorisation du dispositif "Jeune docteur", mais aussi la prolongation de plusieurs crédits d'impôt stratégiques (CICo, C3IV, CIIC). Parallèlement, le statut de la JEI fait l'objet d'un compromis, voyant ses exonérations d'impôts locaux prolongées tandis que celle sur les bénéfices est supprimée. Enfin, un paquet de mesures substantielles a été voté en faveur du monde agricole, couvrant aussi bien la gestion des aléas climatiques que la simplification des régimes et la facilitation des transmissions d'exploitations. Souignons qu'une majorité de mesure a été adoptée avec un avis défavorable du Gouvernement...
Voici un récapitulatif détaillé des principaux amendements et sous-amendements adoptés...
Le crédit d'Impôt Recherche (CIR) et CICo et autres crédits d'impôt
Plusieurs ajustements ont été adoptés concernant le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) :
Rétablissement du dispositif "Jeune docteur" (Amendement N° I-2239)
Cet amendement rétablit le dispositif (supprimé dans la loi de finances 2025) qui favorise l'embauche en CDI de titulaires d'un doctorat . Il fixe la prise en compte de leurs dépenses de personnel à hauteur de 90 % de leur montant durant les 24 premiers mois.
Augmentation du taux "Jeune docteur" (Sous-amendement N° I-3996)
Ce sous-amendement modifie l'amendement I-2239 (ci-dessus). Il augmente très significativement le taux de prise en compte des dépenses pour les jeunes docteurs, le faisant passer de 90 % à 230 %. Cette mesure s'appliquera aux dépenses engagées dès le 1er janvier 2026.
Concernant ces deux amendements : voir notre article : PLF2026 et CIR : vers un retour du dispositif « Jeune docteur » à un taux moindre
Création d'un CI pour l'Intelligence Artificielle (Amendement N° I-2235) - Avis défavorable du Gouvernement
Cet amendement vise à soutenir l'écosystème français de l'IA. Il intègre les "dépenses en moteurs de calcul GPU et CPU" dans l'assiette du CIR.
Exclusion des plateformes d'intermédiation (Amendement N° I-2576)
Cet amendement exclut du CIR les dépenses versées à des plateformes numériques dont l'activité est la simple mise en relation (intermédiation) entre entreprises et chercheurs, sans participer directement aux opérations de R&D .
Conditionnalité du CIR (Amendement N° I-2947) - Avis défavorable du Gouvernement
Cet amendement conditionne le bénéfice du CIR au maintien des activités et de l'emploi en France . L'entreprise devra rembourser le crédit d'impôt perçu si, dans les 10 ans, elle transfère à l'étranger les activités de recherche/production liées ou procède à une cessation d'activité ou à un licenciement de plus d'un tiers des effectifs en France.
Prolongation du CICo (Amendement n°I-1880) - Avis favorable du Gouvernement et du rapporteur
Pour mémoire, l’article 69 de la LF pour 2022 a instauré un crédit d’impôt au bénéfice des entreprises qui concluent, à compter du 1er janvier 2022, des contrats de collaboration avec des organismes de recherche et de diffusion des connaissances (ORDC) et qui financent, dans ce cadre, les dépenses de recherche exposées par ces organismes. Ce nouveau crédit d’impôt est codifié à l’article 244 quater B bis du CGI.
Le présent amendement vise à prolonger de trois ans, soit jusqu’au 31 décembre 2028, le bénéfice du crédit d’impôt collaboration de recherche (CICo).
Prorogation du crédit d’impôt pour les investissements en Corse (CIIC) - Amendement n°I-226 - Avis de sagesse du Gouvernement et favorable du rapporteur
Le présent amendement propose de proroger le crédit d’impôt pour les investissements en Corse (CIIC) jusqu’au 31 décembre 2030.
Aménagement du CIIC - Amendement n°I-234 - Avis défavorable du Gouvernement
Cet amendement a pour objet d’aménager le crédit d’impôt pour certains investissements réalisés et exploités en Corse (CIIC) afin d’étendre son bénéfice aux TPE (moins de 11 salariés) qui cherchent à se développer en augmentant le nombre de leurs salariés.
Prolongation du C3IV - Amendement n°I-3598 - Avis favorable du Gouvernement
Le présent amendement vise à prolonger de trois ans, soit jusqu’au 31 décembre 2028, le bénéfice du crédit d’impôt au titre des investissements dans l’industrie verte (C3IV), créé par l’article 35 de la loi n° 2023‑1322 du 29 décembre 2023 de finances pour 2024.
Le statut Jeune entreprise innovante
Prorogation du régime fiscal des JEI - Amendement n°I-1881 et Sous-amendement n°I-3997 Avis favorable du Gouvernement
La proposition initiale (Amendement N° I-1881)
L'amendement N° I-1881visait initialement à proroger l'ensemble du régime d'exonération fiscale pour les JEI jusqu'au 31 décembre 2028. L'échéance actuelle était fixée au 31 décembre 2025 pour certaines taxes et au 31 décembre 2023 pour une autre. Cette proposition couvrait à la fois :
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Les exonérations d'impôts locaux (visées aux articles 1383 D et 1466 D du CGI).
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L'exonération d'impôt sur les bénéfices (visée par la loi de finances pour 2004).
La modification (Sous-amendement N° I-3997)
Ce sous-amendement est venu restreindre la portée de l'amendement initial. Son objectif, tel qu'indiqué dans l'exposé sommaire, était de :
- Supprimer la proposition de proroger l'exonération d'impôt sur les bénéfices.
- Conserver la proposition de proroger les exonérations d'impôts locaux.
Le résultat adopté (N° I-1881 sous-amendé)
Puisque l'amendement N° I-1881 a été adopté ainsi sous-amendé par le N° I-3997, le texte final ne prolonge qu'une partie du dispositif JEI :
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Adopté : La prorogation des exonérations d'impôts locaux (comme la taxe foncière et la cotisation foncière des entreprises) est maintenue jusqu'au 31 décembre 2028.
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Supprimé : La prorogation de l'exonération d'impôt sur les bénéfices a été retirée du texte.
Fiscalité et régimes Agricoles
Relèvement du seuil du régime réel simplifié (Amendements N° I-117 et I-372)
Ces amendements identiques relèvent le plafond du régime réel simplifié en agriculture de 391 000 € à 500 000 €. L'objectif est de l'adapter à l'évolution du chiffre d'affaires des exploitations et de permettre une comptabilité allégée.
Assouplissement pour les indemnités (Aléas climatiques) (Amendement N° I-2333)
Cet amendement élargit le dispositif fiscal (Art. 72 B) de rattachement des indemnités pour pertes de récolte (dues aux aléas climatiques). La mesure permet de couvrir tout type d'indemnité (pas seulement les assurances), de l'appliquer même si la perte précède l'indemnisation, et de la rendre optionnelle ("sur choix du contribuable").
Exonération des indemnités (Crises sanitaires) (Amendements N° I-652 (Rect) et I-711)
Ces amendements visent à exonérer d'impôt les indemnités versées par l'État aux éleveurs lors de crises sanitaires (ex: grippe aviaire, tuberculose bovine). Ils incluent également la "valeur bouchère des animaux abattus" dans les montants exemptés et lèvent la condition de renouvellement du cheptel pour bénéficier de l'exonération.
Exonération sociale pour indemnités d'abattage (Amendements N° I-109 , I-184 , I-270 , I-394 , I-708 , I-1150 , I-2278 , I-2684 )
Cette série d'amendements identiques complète l'exonération fiscale (créée par l'article 10 du PLF) pour les indemnités d'abattage d'animaux reproducteurs lors de crises sanitaires. Ils ajoutent une exonération sociale, c'est-à-dire qu'ils exemptent ces mêmes sommes de contributions sociales (CSG/CRDS).
Cumul du "blocage des stocks" avec d'autres régimes (Amendements N° I-119 , I-683 , I-1726 , I-2801 )
Ces amendements visent à permettre aux agriculteurs (notamment viticulteurs) de cumuler le dispositif de "blocage des stocks" à rotation lente (Art. 72 B bis) avec le régime de la moyenne triennale (Art. 75-0B) et l'étalement des revenus exceptionnels (Art. 75-0 A). Pour ce faire, ils suppriment l'alinéa qui prévoyait cette incompatibilité.
Augmentation du plafond de la Déduction pour Épargne de Précaution (DEP) (Amendements N° I-295 , I-1631 , I-1720 , I-1810 , I-3572 )
Ces amendments augmentent le plafond pluriannuel de la DEP. Le plafond est relevé de 150 000 € à 250 000 €.
Extension de l'exonération partielle (reprise DEP) (Amendements N° I-293 et I-3571)
Ils élargissent le bénéfice de l'exonération partielle de 30 % (lors de la reprise de la DEP) aux indemnisations pour sinistres sanitaires (maladies animales/végétales) versées par d'autres organismes que le FMSE (ex: FranceAgriMer ou l'État directement), dès lors qu'elles s'inscrivent dans un programme national ou européen.
Correction de la moyenne triennale (Cessation partielle) (Amendements N° I-118 et I-186)
Ils corrigent une "injustice fiscale" pour les agriculteurs ayant opté pour la moyenne triennale. En cas de cessation d'une seule de leurs activités (cessation partielle), ils évitent une imposition au taux marginal sur l'excédent de bénéfice (qui pouvait entraîner une double taxation), à condition qu'ils continuent de percevoir d'autres bénéfices agricoles.
Transmission, installation et foncier Agricole
Facilitation de la transmission (Baux à long terme) (Amendements N° I-106 , I-594 , I-698 , I-1856 , I-2083 , I-2805 , I-3597 ) - Avis défavorable du Gouvernement
L'héritage intervenant de plus en plus tard (souvent après 50 ans), les héritiers sont déjà en âge de transmettre. Ces amendements permettent au bénéficiaire d'une donation (avec exonération fiscale Art. 793 bis) de faire une nouvelle donation à ses propres descendants sans perdre l'avantage fiscal initial, à condition que les nouveaux donataires reprennent l'engagement de conservation du bien.
Facilitation de l'apport en société (Baux à long terme) (Amendements N° I-107 , I-595 , I-700 , I-1858 , I-2059 , I-2797 ) - Avis défavorable du Gouvernement et du rapporteur
Ils visent a adapter le même dispositif (Art. 793 bis) aux réalités de l'agriculture (souvent exercée en société). Ces amendements autorisent le bénéficiaire de la donation à apporter le bien à une société agricole (GFA, GAEC, EARL, SCEA) sans perdre l'exonération fiscale, à condition que l'obligation de conservation soit transférée sur les parts sociales reçues en échange.
Exonération de plus-values pour Jeunes Agriculteurs (JA) (Amendements N° I-3302 et I-3651)
Ils corrigent une jurisprudence (Conseil d’État du 30 avril 2024) qui pénalisait les JA s'installant dans une société récente (moins de 24 mois). Ces amendements leur permettent de bénéficier de l'exonération des plus-values (Art. 151 septies) en neutralisant les plus-values générées avant leur installation. Le calcul de leur part sera basé sur la moyenne des CA des deux exercices précédents, pondérée par leurs droits dans la société .
Crédit d'impôt pour accompagnement à la transmission (Amendements N° I-275 , I-1585 , I-3652 ) Avis défavorable du Gouvernement et du rapporteur
Ils créent un crédit d'impôt pour inciter les agriculteurs à anticiper leur transmission. Il s'agit d'un crédit d'impôt de 5 000 €, reconductible 5 ans, pour l'inscription au Répertoire Départ Installation (RDI) et le recours à un accompagnement agréé.
Dégrèvement de Taxe Foncière (TFNB) pour les JA (Amendements N° I-564 et I-636)
Ces amendements remplacent l'exonération actuelle de TFNB pour les JA, jugée inégalitaire territorialement, par un dégrèvement national dégressif sur 5 ans. Il sera de 100% la 1ère année, puis 80%, 60%, 40% et 30% les années suivantes.
Lutte contre l'optimisation fiscale (Cession SCEA) (Amendement N° I-778)
Cet amendement vise à mettre fin à une pratique d'optimisation fiscale où des SCEA (même non-exploitantes) utilisaient un dispositif dérogatoire (droit fixe de 125 €) pour des cessions immobilières de grande valeur (Art. 730 bis du CGI). L'amendement réserve ce droit fixe aux cessions à une personne physique (exploitant), qui s'engage à conserver les parts 10 ans, et pour une valeur de cession sous les 300 000 €.
Soutien aux Pratiques Agricoles (Environnement, Remplacement, Mécanisation)
Prolongation du crédit d'impôt "Haute Valeur Environnementale" (HVE) (Amendements N° I-114 , I-355 , I-681 , I-697 , I-744 , I-851 , I-1105 )
Prolongent le crédit d'impôt HVE pour l'année 2026. L'objectif est d'aider les agriculteurs à couvrir les coûts de cette certification, reconnue par les consommateurs, et d'accélérer l'engagement vers des pratiques durables.
Nouveau crédit d'impôt pour la gestion durable des haies (Amendements N° I-1076 , I-2685 , I-2880 )
Ces amendements instaurent un nouveau crédit d'impôt pour les années 2026 à 2028 afin d'inciter financièrement les agriculteurs à la gestion durable de leurs haies. Le CI est de 60 % des dépenses engagées (certification, travaux, matériel), plafonné à 4 500 € par an.
Renforcement du CI pour remplacement (Congés/Maladie) (Amendements N° I-999 et I-1000)
Ces deux amendements améliorent le droit au repos des agriculteurs.
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I-999 : Pérennise le dispositif (supprime la date de fin 2027), et augmente la prise en charge à 100% pour les 17 premiers jours (pour maladie, accident, formation) et 75% pour 7 jours suivants.
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I-1000 : Supprime la condition restrictive qui limitait ce crédit d'impôt aux agriculteurs dont l'activité "requiert la présence sur l'exploitation chaque jour de l'année".
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Création d'un CI pour mécanisation collective (CUMA) (Amendements N° I-1342 et I-3389)
Pour encourager la mutualisation de matériel via les CUMA et lutter contre la surmécanisation individuelle coûteuse, ces amendements créent un crédit d'impôt de 7,5 % sur les charges de mécanisation collective facturées par la CUMA, plafonné à 3 000 € par an. En compensation, ils abaissent le seuil d'exonération des plus-values sur la vente de matériel individuel (Art. 151 septies).
CI pour horticulteurs et maraîchers (Aléas climatiques) (Amendement N° I-3721)
Vise à créer un crédit d'impôt pour les horticulteurs et maraîchers subissant la destruction de leurs installations de production (ex: serres) à cause d'aléas climatiques. Le bénéfice est conditionné au réemploi de l'indemnité perçue pour reconstituer ces installations.
Affaire à suivre...