L'article 9 du PLFSS pour 2026, qui prévoyait un nouveau tour de vis sur le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI), a été vidé de sa substance par l'Assemblée Nationale. Les députés ont adopté deux amendements identiques visant à supprimer la mesure de rehaussement du seuil de dépenses de R&D. Le Gouvernement a émis un "avis de sagesse" après avoir reconnu les "effets de bord" de son projet.
Le statut JEI, codifié à l'article 44 sexies-0 A du CGI, offre des exonérations fiscales et sociales aux PME de moins de 8 ans qui consacrent une part significative de leurs charges à la R&D. Ce seuil de dépenses, historiquement fixé à 15 %, vient tout juste d'être rehaussé à 20 % par la LFSS pour 2025, avec une entrée en vigueur au 1er mars 2025.
Moins d'un an après cette première réforme, l'article 9 du PLFSS 2026 proposait de porter ce seuil de 20 % à 25 %. L'exposé des motifs du projet de loi justifiait ce "rabot" par la nécessité de
"centrer le volet social du dispositif sur les entreprises qui investissent le plus en recherche et développement", pointant "son effet de substitution [...] et son efficacité marginale limitée sur la création d’emploi".
Les deux amendements identiques, adoptés par l'Assemblée, suppriment l'alinéa 18 de l'article 9, qui contenait la hausse à 25 %. L'effet de ce vote est donc de maintenir le seuil d'éligibilité au statut JEI à 20 % des charges, conformément à la LFSS 2025.
L'argumentaire des députés, porté aussi bien par le groupe LIOT (N° 1691) que par la majorité présidentielle (N° 2326), a mis en lumière les dangers de cette instabilité fiscale et de ce rehaussement :
- La hausse à 25 % aurait exclu "des centaines de start-ups et de PME" du dispositif. Pour ces entreprises, la perte du statut JEI signifie une augmentation brutale du "coût du travail de 30 % du jour au lendemain", alors qu'elles n'ont "quasiment pas de trésorerie".
- L'amendement N° 2326 souligne un "effet de bord" majeur. Pour les start-ups du secteur stratégique de l'intelligence artificielle, les coûts de calcul ("GPU") ne sont pas pris en compte dans les dépenses de R&D. Atteindre le seuil de 15 % était déjà complexe ; le porter à 20 % puis 25 % aurait été délétère pour la souveraineté technologique française.
- Enfin, les députés ont dénoncé un nouveau "rabot" sur un dispositif qui vient à peine d'absorber la hausse de 15 % à 20 %.
L'adoption de ces amendements est un soulagement pour l'écosystème de l'innovation. Elle maintient le seuil de R&D à 20 %, un niveau déjà exigeant mais stabilisé par la LFSS 2025.
Le Gouvernement, face à la mobilisation (y compris de ses propres députés, signataires du N° 2326 ), a dû reculer. En émettant un "avis de sagesse", il a évité un désaveu mais a reconnu, selon les propos du ministre, avoir "mieux compris les enjeux" et les "effets de bord" de sa propre mesure.